Hiện nay mô hình nuôi tôm siêu thâm canh được nhiều người, đơn vị và ban ngành quan tâm. Bên canh những mặt tích cực đạt được về năng suất, sản lượng, an toàn thực phẩm,... thì những mặt hạn chế của mô hình nuôi tôm siêu thâm canh cũng đã bọc lộ nhiều vấn đề như chi phí đầu tư hệ thống công trình; Quản lý môi trường nước ao nuôi; Tác động của diễn thế thay đổi thời tiết, khí hậu; Vật tư/Sản phẩm đầu vào; Diện tích đất xây dựng hệ thống nuôi; Điều phối thời gian vận hành quạt nước, thổi oxy đáy, vận hành cho ăn (bằng máy hoặc bằng tay), gôm chất thải, xi phong chất thải; Kiến thức nền và kinh nghiệm thực tế sản xuất.